小圓在中學見到了一頭黑發披肩直發的（de）女（nǚ）孩曉美焰。曉美焰說，小圓，你永遠不（bú）要忘記做現在的自己。小圓很疑惑，曉美（měi）焰好像在哪（nǎ）裏見過。
救救我，救救（jiù）我。一隻白（bái）色的，兩隻眼睛紅色的生物出（chū）現，曉美焰黑洞洞的（de）槍囗對著它。小（xiǎo）圓大喝一聲：住手，美樹沙耶香（xiāng）和小圓（yuán）共同用滅火器抵擋了曉美焰，救下了丘比。
接著，一頭金發的巴（bā）麻美（měi）邀請（qǐng）了沙耶香和小圓（yuán）一起共用西餐，透露了（le）自（zì）己是魔法少女的事實，自己的雙親在一場（chǎng）車禍中去世了，而自己在那場車禍中由於向丘比許下了活下去的願望才得以（yǐ）活著。
接著，小（xiǎo）圓和沙耶香（xiāng）觀看了（le）巴麻美（měi）的魔法少女工（gōng）作，精美的槍械在半空中飛舞，巴麻美（měi）最後變出一個大炮擊殺了（le）魔女，正（zhèng）準備收工時，巴麻美的頭被魔女咬掉了，血淋淋的一幕酪印在小圓心中。
美樹沙耶（yē）香的青梅竹馬雙手失（shī）去了彈奏能力，為此美樹沙耶香向丘比許了（le）願望，希望（wàng）青梅竹馬的雙手能治愈。願望實（shí）現了，但那個男孩愛上了別的女孩。沙耶香因為過於悲傷墮落成了魔女。小圓（yuán）這才明白原來魔法少女最終都會變成魔（mó）女，是丘比欺（qī）騙了她們。
魔女之夜來臨，曉美焰孤軍奮戰，用手中的時間（jiān）之盾儲藏了大量軍火，還是（shì）敵不過魔女之夜。這時，小圓向丘比許願，希望過去、現在、未來，任何一個時空魔女在誕生（shēng）之前都被消滅。原來曉美焰數次用時間之盾輪回隻為救（jiù）自己，經過多次因果的（de）積累（lèi），小圓終於成了神。
伊莉雅是（shì）聖杯的容（róng）器，她認識了另一個世界的聖（shèng）杯容器美遊，兩人共同收集（jí）英（yīng）靈職階卡。伊（yī）莉（lì）雅有豐富的想象力，她相信魔法少女的存（cún）在，而美遊的知（zhī）識很豐富（fù），她（tā）不相信。在迦勒底聚集了不少科學家和魔術師，他們穿越每一個曆史特異點，收（shōu）集那個世界的聖杯（bēi）。聖杯被譽為實現一切願望的神器，每一個時代的文明都是燦爛而輝煌的，因為人類用自己的雙手一步一步實現願望。伊莉雅和美遊也去迦勒底，見證每一個時代的文明。伊莉雅和美（měi）遊附身到每個英（yīng）靈身上，感受那偉大的靈魂。
小狼和木之（zhī）本（běn）藤隆是考古挖掘隊，有一（yī）天在考古時與（yǔ）小櫻約會玩耍，突然間小櫻（yīng）身上所有的羽毛被取走了，小櫻陷入了昏迷。小櫻的羽毛在每個時空都有強大的力量。
壹原侑子和庫洛裏德複製了2個創世神黑白摩可拿，讓小櫻和小狼踏上尋找（zhǎo）羽毛（máo）的時空之旅。在另一個時空的小櫻擁有庫洛牌，而這個小櫻沒有力（lì）量，隻有治療能力（lì）。但小（xiǎo）櫻在旅館打工，用（yòng）她（tā）的笑容感染（rǎn）每一個人。在尋找羽毛的各個（gè）時空中認識形形色色（sè）的（de）人。小櫻再（zài）次遇（yù）到（dào）了知世，隻不過這（zhè）個時空的知世和小櫻一（yī）樣（yàng）是公主。