返回艾爾達星後，林凱以為一切（qiē）結束了。
但宇宙（zhòu）的（de）平衡並非一蹴而就。
遺跡的能量波雖消（xiāo）滅了暗影母體，卻在銀河係各處引發了異常現象（xiàng）：行星軌道偏移、恆星脈動不穩（wěn），甚至一些人出（chū）現了預知夢境（jìng）。
林凱在星（xīng）港的控製室裏，盯著（zhe）螢幕上的報告，心知這是遺跡的“餘波”——古文明的能量在調（diào）整宇宙的結構。
艾拉走進來，手（shǒu）裏端著一杯熱飲。「凱，你又沒（méi）睡（shuì）。聯邦zhengfu發來訊息（xī），他們想見你。」
「他們想利用遺跡的知識。」林凱歎氣。
聯邦是核心星域的統治者（zhě），戰爭（zhēng）後他們急需技術來重建。他不信任他們，尤（yóu）其是聽說（shuō）維克的殘黨仍在活動。
莉亞從（cóng）門外（wài）進來，她已（yǐ）成為艾爾達的防衛長官。
「我剛從邊境回來，有報告說紮克的訊號從遺跡傳出。他還活著？」
林凱一驚。紮克自願（yuàn）犧牲，守護遺跡，但現在的訊號顯（xiǎn）示他被困在多維空間。
團隊決定救援。他們重新啟動獵（liè）鷹號，這次（cì）帶上新（xīn）裝（zhuāng）備：從遺跡取回的空間穩定器。
途中，他們遭遇聯邦（bāng）巡邏（luó）艦。艦長（zhǎng）通訊：「林凱，你涉嫌（xián）盜取古科技。立（lì）即投降。」
林凱巧妙回避，進入星（xīng）雲隱藏。但在過程中，艾拉（lā）發現自己懷孕了。這（zhè）消息讓林凱既喜且憂，他發誓要為未來而戰。
抵達遺跡時，浮（fú）空城市已變形，暗影的殘餘能量扭曲了結構。
紮克被困在能量泡中，意（yì）識模糊。他喃喃：「暗影沒死……它進化了。」
救援成功，但紮（zhā）克帶來壞消（xiāo）息：暗影母體分裂成無數碎片，散布宇宙，尋找（zhǎo）新宿主。林凱意識到（dào），終焉之地的（de）戰鬥隻是開始。