俗稱“小（xiǎo）軍機”，早期也稱為“司員”。最初，章京無一定額數，在內閣中（zhōng）書等官員中（zhōng）選（xuǎn）調。乾隆初，改（gǎi）由內（nèi）閣、各部、理藩（fān）院等衙門調派。自（zì）嘉慶四年（公元年）始，定軍機章京分（fèn）滿、漢各兩班，每班8人，共人。各班設領班、幫領班（bān）章京各1員，由軍機大臣（chén）於章京（jīng）中選資深望重者任之。軍機（jī）章京的選任，據《樞恒紀略》卷7載：“漢軍機章京由內閣中書、六部郎中、員外郎、主事、七品小京（jīng）官由進士、舉人出身者兼充；滿軍機（jī）章（zhāng）京以內（nèi）閣中書、六部、理藩院郎中、員外郎、主事、筆帖式兼（jiān）充”。光緒三十二年（公元年）確（què）定（dìng）漢章京額缺為人。
軍機章京也是兼差，凡承旨入值軍機處的（de）官員，仍為（wéi）原衙門的實缺並照（zhào）例（lì）升轉（zhuǎn）。軍機章京一般為五、六品，領班章京為從（cóng）三品或（huò）正四品。軍（jun1）機章京按例不參加京察，其獎敘升轉由軍機大臣酌情保奏，平時每屆三年奏保（bǎo），凡遇修補檔案，編修方略等事結（jié）束時，均照（zhào）例特保，故（gù）章京的提升較快，當時人視之為升官的捷徑。光緒（xù）三十二年（公元年（nián））十二（èr）月初十日（rì）奏定變（biàn）通軍機章京升補章程，定軍機（jī）章京為（wéi）實缺，其領班（bān）章京秩視三品，幫領班章京秩視四品，以下各章京（jīng）俱按原（yuán）品（pǐn）實授。並規定了三年遞升一級的升補辦法①。軍機章京（jīng）辦理軍（jun1）機處（chù）的日常工作，處理文書，記注檔（dàng）冊（cè），撰擬文稿等。自（zì）乾（qián）隆時傅恒任領班軍機大（dà）臣始，軍機章京亦同（tóng）時負撰擬諭旨之責；還參預軍機處新承辦（bàn）案件之審理；跟隨軍機大臣或單獨奉派往各省（shěng）查辦和處（chù）理政務。